Les vaccins et les tests expliqué a) pour « tous » : Viropourtous.ch et b) aux « scientifiques non biologistes » : Berthehub.eu

Les vaccins et tests expliqués pour tous selon son auteur

L’excellent site viropourtous.ch que gère Laurent Roux que JTS présente d’abord

et pour les autres… les ingénieurs, informaticiens, les physiciens voir plus bas

Quelques articles récents pour « tous »

encourage le lecteur à aller consulter le site : ici

JTS propose une sélection

Alors que la rumeur que le vaccin modifierait génétiquement nos cellules, Viropourtous montre bien la différence entre intervention génétique (modification de l’ADN qui serait durable) et l’ARN qui reste dans le cytoplasme, ne rentre pas dans le noyau et disparait rapidement…



Un autre article explique fort joliment comment fonctionne le test rapide (immunologique, apparu plus récemment ) qui teste la présence d’anticorps spécifiques contre certaines parties du virus.

  • Principes du test antigénique anti SARS-CoV-2 1 décembre 2020
    Le test RT-PCR appliqué au SARS-CoV-2 permet de détecter le génome viral présent aussi bien dans les particules virales que dans les cellules infectées par le virus.
  • Fig 2: présente schématiquement une protéine qui affiche cinq épitopes (cercles de différentes couleurs). Dans la partie 1a, cette protéine est recouverte d’un mélange d’anticorps poly-clonaux qui reconnaissent et lient les cinq épitopes. C’est ce qui se passe généralement dans l’organisme infecté. La partie 1b illustre la liaison d’anticorps monoclonaux (Mab) sur un seul épitope. [img] Source: https://viropourtous.ch/


    Fig 3: .L’échantillon est déposé à l’extrémité de la bandelette (a.). Le liquide contenant les protéines virales de l’échantillon migre par capillarité sur la bandelette et rencontre une ligne d’anticorps spécifiques  munis d’un détecteur coloré (or colloïdal). Ces anticorps ne sont pas immobilisés, ils sont emportés dans le flux de liquide. Lorsque l’antigène rencontre ces anticorps, le complexe antigène-anticorps se forme et continue sa migration. Il vient buter sur une deuxième ligne d’anticorps anti-protéine virale cette fois fixés au support (b.) La protéine virale liée aux premiers anticorps munis du détecteur vont être retenus sur cette ligne et former une ligne colorée. Les anticorps non complexés avec cette deuxième ligne vont continuer leur migration et buter sur une ligne qui fixe cette fois les anticorps eux-mêmes, qu’ils soient ou non liés avec l’antigène, formant une deuxième ligne colorée. Cette ligne dite de contrôle est le garant de la bonne migration des anticorps sur la bandelette. Elle est toujours visible et sert à certifier le bon déroulement du test (la bonne migration par capillarité). Quant à la première ligne elle n’est visible que si l’antigène a bien été lié au premiers anticorps. En son absence, le test est négatif. [img] Source: https://viropourtous.ch/

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Un autre article explique fort joliment comment fonctionne le test PCR (à ARN) qui teste la présence de séquences spécifiques  du virus.

Fig 1:La Figure 1 montre le prélèvement de l’échantillon à l’aide de l’écouvillon qui vient chatouiller le fonds des fosses nasales. L’écouvillon est plongé dans un liquide biologique où, s’il y a infection, on s’attend à trouver des particules virales produites par l’infection ainsi que des  cellules infectées, bourrées de génomes viraux et d’ARN cellulaires. L’ARN viral et les ARN cellulaires sont ensuite purifiés et concentrés, prêts pour l’étape suivante.[img] Source: https://viropourtous.ch/


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Fig 3: illustre l’action de l’ADN polymérase qui duplique en série, cette fois uniquement  un fragment bien précis de l’ADN viral (cf. Figure 4). A chaque réaction, le produit de polymérisation double. La production d’ADN est évalué par l’augmentation d’un colorant (visible en lumière UV) qui résulte de la consommation des réactifs nécessaires à l’activité de l’ADN polymérase (cf. Figure 5). [img] Source: https://viropourtous.ch/


Fig 4: Comment faire en sorte d’ignorer l’ADN cellulaire présent dans l’échantillon produit par la RTase (cf. Figure 2), et donner de la spécificité à cette amplification. L’explication se trouve dans la Figure 4 et son animation.
[img] Source: https://viropourtous.ch/


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Un dernier article vient de sortir :

  • Les vaccins ARNm anti-Covid-19 sont sûrs et efficaces 11 janvier 2021

  • Le vaccin de Pfizer expliqué pour ingénieur.e.s ou informaticien.ne.s

    Ce texte fouillé mais très clair, explique en termes informatiques comment a été conçu le vaccin ( disponible en diverses langues dont le francais)

    JTS trouve que ce texte met bien en évidence combien la biologie est devenu une science du contrôle de l’information (Morange, 2003).
    De manière un peu brutale on peut dire que l’essentiel de ce qui justifie les publications actuellement en biosciences (et fait la nouveauté du vaccin à ARN) se passe en bio-informatique (l’étymologie le dit bien…) sur une ordinateur et finalement on imprime un ADN (Cf Figure 5). Alors l’information change de support pour prendre une forme que le vivant peut traiter : les acides nucléiques. L’important n’est pas les molécules mais l’information qu’elles portent…
    A Codex            DNA BioXp 3200 DNA printer
    Fig 5:  une imprimante à ADN  Codex DNA BioXp 3200  [img]. Source :Huber, B. (2020)
    Ne croyez pas JTS regardez plutôt ce que dit Huber (2020)  encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici
    • Huber, B. (2020, décembre 25). Reverse Engineering the source code of the BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 Vaccine. ici

    Il présente la séquence du virus, toute son efficacité est résumée là !

    First            500 characters of the BNT162b2 mRNA. Source: World Health            Organization

    Fig 5: Les 500 premiers nucléotides de l’ARNm BNT162b2. Source: World Health Organization [img]. Source :Huber, B. (2020)
    Huber (2020) explique bien avec l’analogie du code source (ADN) vs. mémoire vive (ARN) le rôle décisif mais temporaire de l’ARN du vaccin.
    « For computers, this is RAM, for biology it is RNA. The resemblance is striking. Unlike flash memory, RAM degrades very quickly unless lovingly tended to. The reason the Pfizer/BioNTech mRNA vaccine must be stored in the deepest of deep freezers is the same: RNA is a fragile flower. »
    Il explique ensuite ce que fait ce code en partant de sa table des matières

     » Nous connaissons maintenant le contenu exact de l’ARNm du vaccin BNT162b2, et nous comprenons le rôle de la plupart des composants :

    • La coiffe (CAP) pour s’assurer que l’ARN ressemble à de l’ARNm normal
    • Une région non traduite (UTR) 5′ dont on sait qu’elle marche, et qu’on a optimisée.
    • Un peptide signal aux codons optimisés, pour envoyer la protéine Spike au bon endroit (copie conforme à 100% de celui du virus)
    • Une version « codons optimisés » de la protéine Spike d’origine, avec deux substitutions « Proline » pour s’assurer que la protéine apparaît sous la bonne forme.
    • Une région non traduite (UTR) 3′ dont on sait qu’elle marche, elle aussi optimisée.
    • Une queue poly-A quelque peu mystérieuse, avec un « linker » (site de liaison) inexpliqué au milieu.

    Fig 6:  This is a sort of table of contents. We’ll start with the ‘cap’, actually depicted as a little hat. [img]. Source :Huber, B. (2020)
    encourage le lecteur à aller vérifier dans l’article d’origine : ici

    Il explique ensuite ce que font les différentes parties de cet ARN, avec les zones non exprimées de part et d’autre explique le code génétique utilisé pour traduire cette séquence en protéine (la protéine Spike du Virus  qui va déclencher la réaction immunitaire)

    En 2017 l’auteur a fait une présentation de 2 heures sur l’ADN, visible ici. Comme pour cet article, la cible est un public d’informaticiens.

    Il maintient également une page « l’ADN pour les développeurs » depuis 2001.

    Pour finir, ses billets de blog contiennent de nombreuses informations sur l’ADN, SARS-CoV-2 et COVID-19.

    Vous pouvez continuer votre lecture avec la partie 2 qui lance un défi d’optimisation de codons aux développeurs !

    L’informatique explique la biologie ?

    On peut aussi voir la question dans l’autre sens : que l’informatique a été précédée il y a des centaines de millions d’années par le le vivant  :-)

    Références:

    Remerciements

    Merci à Matthias Wiesmann d’avoir porté Huber (2020) à la connaissance de JTS. Blog
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